javadoc와 같이 php에서 document를 자동으로 생성해 주는 프로그램의 기본 encoding은 iso-8859-1 이다.
따라서 한글과 같은 언어권은 해당 언어가 깨진다.
encoding을 변경하기 위해서는 

/pear설치디렉토리/data/PhpDocumentor/phpDocumentor/Converters/HTML/frames/templates/default/templates

에서
index.tpl 과 header.tpl에서 아래 문장을 찾아서 

 meta http-equiv='Content-Type' content='text/html; charset=iso-8859-1'

euc-kr, utf-8 등으로 바꾸어 주면 된다.
참고로 utf-8은 테스트 안해 봤슴
다른 포멧으로 변환하고 싶은 분은 Converters에 해당 포멧의 파일을 수정하면 되겠지요.. 이것도 테스트 안해 봤습니다.

혹 더 좋은 방법을 아시는 분은?